Hallo,
Beim Programmieren werden die Programmeinstellungen sowieso ignoriert,
der AVR ist ja im Reset.
Eigentlich kannst Du also mit den Pins machen, was Du möchtest.
Das Problem ist das Zusammenspiel mit der angeschlossenen Hardware
inclusive des Verhaltens des ISP-Programmers im normalen Betrieb, wenn
man ihn beim Testen nicht jedesmal abziehem will.
Tasten, auch mit internem PullUp stören nicht, wenn Du nicht beim
Flashen draufdrückst.
Ob da der Programmer stört, weil er z.B. im inaktiven Zustand "gedrückte
Taste" erzeugt, hängt von der Schaltung des Programmers ab.
Die Leitungen als Ausgang hat ähnliche Probleme. Der Programmer kann im
Ruhezustand zu Kurzschlüssen führen, wenn er niederohmmige Ausgänge hat.
Beim Programmieren kann der angeschlossene Eingang der Peripherie
verrückt spielen, mein LCD-Display malt da gern seltsame Zeichen, das
richtet aber zumindest keinen Schaden an.
Mein STK-Dongle z.B. ist im TriState, wenn der PC an ist UND PonyProg
gestartet wurde.
Ausgeschalteter PC oder kein PonyProg aktiv kann ungeahnte Effekte
erzeugen, weil der HC244 da durchaus aktiv werden kann und recht massive
Ströme fließen konnten.
Gruß aus Berlin
Michael