Raspberry Pi Programmierung C - nach 15 Minuten kein Dateizugriff möglich

Im Fehlerfall von ioctl solltest Du den Descriptor schliessen, da sonst 
ein Ressourcenleck entsteht (bei ioctl hat Dein Programm diese Ressource 
schon, gibt sie im Fehlerfall aber nicht zurück => Ressourcenleck).

Ob es das war, kann man nicht sagen, da das drumherum fehlt.

Die Stelle ist aber auf jeden Fall problematisch und sollte korrigiert 
werden.

Nochmal zu Deiner Frage:

Wenn der Fehler auftritt und das Programm noch läuft, schaue im 
Verzeichnis /proc/<pid>/fd nach, ob das zugemüllt mit Eintragen ist.

<pid> ist die Pid Deines Prozesses.

Mit ulimit -n  kannst Du sehen, wieviele Deskriptoren Dein Prozess haben 
darf. Ist meist auf 1024 limitiert.

Mit 'ls /proc/<pid>/fd | wc -l' siehst Du, ob Dein Prozess den Wert 
erreicht hat.

Wenn ja, war das oben beschriebene wahrscheinlich Dein Problem.

Wenn nicht, solltest Du den Code drumherum zeigen.

Ich denke du solltest auch in die Richtung überlegen, nicht jedesmal die 
Schnittstellen zu öffnen, ein bischen was raus/rein zu schieben und dann 
alles wieder zu schliessen.
Spricht irgend etwas dagegen, die entsprechenden Devices bei 
Programmstart zu öffnen und dann ganz einfach die ganze Zeit während des 
Programmlaufs offen zu halten? Mit ständigem File auf / File zu kann man 
nämlich auch eine Maschine ganz wunderbar ausbremsen.