Was in den Bootloader rein kommt, ist geschmackssche.
Ich denke folgendes muss auf jeden Fall rein:
Reset-, Interruptvektoren, ...
Diese müssen definiert werden.
Konfiguration des Stack
Starten des Hauptprogramm.
Die IRQ-Funktionen selbst müssen natürlich nicht im
Startupcode (Bootloader) liegen. Ich vermute du hast dir
den Bootloader aus dem Tutorial angesehen?
Mit den IRQ-Routinen kannst du das genauso machen wie mit dem
Hauptprogramm. Einfach mit "b" zur entsprechenden Funktion springen.
So etwas wie "default" Startupcode wird es nicht geben, da jeder uC
und jede Programmierumgebung unterschiedlich ist.