Nach vielen Versuchen, ein Flash mit Nios und FPGA Design in der Version
Quartus 13.x zu beschreiben, kam damals dann endlich die Version Quartus
14. Damit funktionierten dann wieder alle Scripte und Flash Tools.
Das Problem war reproduzierbar.
Also kann man Quartus 13.x im Zusammenhang mit Nios und Flashablage
kübeln. Ich wüsste auch nicht, warum man nicht auf die aktuelle Version
wechseln sollte.
Der Workaround funktionierte bei mir damals auch nicht und es nervt,
wenn ein Hersteller so ein Problem nicht einfach zeitnah einräumt.